1988年6月20日,清城区人民检察院成立,为正科级建制。2019年检察系统进行内设机构改革后,清城区人民检察院有内设机构5个,包括办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部;派出机构2个,包括派驻东城街道检察室、派驻石角镇检察室。